Travaux

rank_select (push / extend incrémental), encodage et décodage GFF3 conformes à la spec, sentinelle terminale de fmindex, correction + optimisation du HomopolyPairHMM. Réparti sur les versions v4.0.0 à v4.2.1 (les correctifs HomopolyPairHMM sont sortis en 4.1.0 et 4.2.1).

• #715 perf: index the transitions of HomopolyPairHMM and stop allocating per cell2026-10-04
• #714 fix: let every hop state return to every match state in HomopolyPairHMM2026-10-04
• #711 fix: sum the column ends of HomopolyPairHMM once per column in semiglobal mode2026-10-04
• #703 fix: open HomopolyPairHMM gaps with the probability of the sequence that has the gap2026-10-02
• #701 fix: emit bases in extended gaps and clear cells outside the band in PairHMM2026-10-02
• #691 fix: cap ordered-float below 5.5 to preserve MSRV 1.872026-09-16
• #680 docs(poa): document that the aligner uses linear gaps and ignores gap_extend2026-09-16
• #679 docs(fmindex): document the mandatory terminal sentinel2026-09-10
• #675 fix(pattern_matching): reject 64-symbol patterns in shift_and and bndm2026-06-29
• #672 feat(gff): percent-encode and -decode GFF3 attributes per the spec2026-06-12
• #671 feat(rank_select): add RankSelect::extend for appending many bits2026-06-11
• #670 feat(rank_select): add RankSelect::push for incremental construction2026-06-10
• #669 chore: add keywords and categories to Cargo.toml2026-06-10
• #668 fix: import RngExt so tests and benches compile with rand 0.102026-06-10

Validation des valeurs acceptées par --console, nettoyage du répertoire d'environnement après un create échoué, correction d'un SIGALRM laissé armé sur exception inattendue.

• #16437 Fix timeout() leaving SIGALRM armed on unexpected exceptions2026-07-23
• #16421 Remove residual env directory when a create transaction fails to verify2026-07-21
• #16420 Document and validate --console accepted values2026-07-20

restore_simulation : correction du comptage d'entités (perte silencieuse des entités de groupe sans membre au rechargement d'une simulation).

• #1387 Fix `restore_simulation` entity counts2026-10-02

Durabilité au crash (fsync WAL, publication de checkpoint crash-durable), raft/logstore fail-closed sur échec de fsync et rejet des octets résiduels, fuzzing des décodeurs réseau et de la reprise WAL, performance du backup.

• #125 perf(backup): walk only the prefix's subtree in FSObjectStore.List2026-09-13
• #111 fix(backup): write sibling config before snapshot; hide the Put staging temp2026-09-12
• #110 docs(pbisr,cluster): correct the minISR-floor enforcement comments2026-09-11
• #101 test(shard/pbisr): seed the group-count cap; fix stale comments2026-09-09
• #100 fix(raft/logstore): reject trailing bytes in decodeInto2026-09-09
• #98 test: fuzz the untrusted network + WAL-recovery decoders2026-09-08
• #95 fix(raft/logstore): fail-closed poison latch on fsync failure2026-09-08
• #93 fix(vector): make checkpoint publishes crash-durable (dir fsync after rename)2026-09-08

Vérification de la disjonction pairwise des événements dans la grammaire de scénario, exposition de freebayes --use-best-n-alleles et déclaration des clés de configuration réellement utilisées par le workflow de variant-calling ; plus des optimisations (bump rust-bio 4.2.1, lecture à travers les gaps ≤ 10 kb au préproc.) et un jeu de données SNV/indel pour le benchmark.

• #577 perf: bump to rust-bio 4.2.12026-10-07
• #565 chore: add an SNV/indel dataset to the benchmark workflow2026-10-07
• #563 perf(preprocess): read through gaps of up to 10 kb instead of refetching2026-10-07
• #558 feat(grammar): verify pairwise event disjointness at scenario compilation2026-09-22
• #471 feat: expose freebayes --use-best-n-alleles via params/freebayes2026-09-22
• #470 fix: declare the freebayes config keys the workflow actually reads2026-09-22
• ↳ DOI crédité comme co-auteur sur la release scientifique archivée dna-seq-varlociraptor v6.11.2 (indexée OpenAIRE) — 10.5281/zenodo.23475190co-auteur